『MRワゴン』では、最近の乗用車の例に漏れず、室内の収納スペースが充実している。四輪商品企画グループ長の坂本昭博取締役によると、フロントシート左右の間にある、取り外し可能な「シートサイドラック」はデザイン部門からの提案で、設計陣が苦労の末に完成させたものだそうだ。
『ワゴンR』で好評だった助手席下の「バケツ」（助手席シートアンダーボックス）は、開発陣の誰もが『MRワゴン』にもつけるべきだと考えていたという。反対に運転席側のシートアンダートレイはオプションとし、ナビゲーション装着車でのサブウーファーを設置するスペースとなっている。このサブウーファーは「生活レベルの平均点が上がっている」ユーザーに合わせた「うるおい」の装備とのことだ。
