新型スズキ『MRワゴン』のメカニズムは、ベースモデルとなった『ワゴンR』とほぼ共通。旧型モデルからシャーシが一新され、走行性能、快適性ともに大幅な向上を果たしたという。
エンジンは直列3気筒で、自然吸気とターボの2種類がある。メインとなる自然吸気は可変バルブタイミング機構を備え、軽自動車用エンジンとしてはかなり低速側に振られている。スペックは最高出力54ps@6500rpm、最大トルク6.4kgm@3500rpm。
ターボは性能の大幅な向上ではなくトルク増強によるゆとりの走りを狙った低過給圧のマイルドチャージ。最高出力60ps@6000rpm、最大トルク8.5kgm@3000rpm。
エンジンパワーは旧型とまったく同一だが、実は低張力ピストンリングの採用などこまめな改良を随所に受けており、排ガス規制については自然吸気が平成17年排出ガス基準75％低減レベル（4つ星）を達成、ターボも同50％低減レベル（3つ星）を達成している。
燃費も自然吸気のFFが21km/リットル、ターボのFFが18.8km/リットルと、旧型モデルより大幅に向上しており、燃費基準＋5％を達成できなかったターボ4WDを除く全グレードともグリーン税制が適用される。
