2006年シーズン第2戦マレーシアGP決勝、19日、灼熱のセパンで行われたレースはルノーが鮮やかな1-2フィニッシュを決めた。ポールポジションからスタートしたジャンカルロ・フィジケラが落ち着いた走りでポジションを守りながら、自身通算3勝目となる優勝を果たした。
チームメイトのフェルナンド・アロンソは7番グリッドと出遅れながら、スタートで3番手まで順位を上げ、ホンダのジェンソン・バトンを2度目のピットストップで抜き去り2位フィニッシュ。ルノーの信頼性の強さとチーム力が光るレースとなった。
一方、初優勝の期待がかかった2位スタートのバトンは中盤のレースペースが上がらず3位に終わった。
4位はマクラーレンのフアン・モントーヤ。2度のエンジン交換で20番グリッド降格のフェラーリ、フェリペ・マッサが1ストップの利を活かして5位。同じフェラーリのミハエル・シューマッハもエンジン交換で14番手スタートだっだが6位に入った。7位ジャック・ビルヌーブ（BMWザウバー）、8位ラルフ・シューマッハ（トヨタ）ともに初入賞を果たした。
フェラーリ勢を筆頭に、ルーベンス・バリチェロ（ホンダ）、デイビッド・クルサード（レッドブル）らもエンジン交換でグリッド降格となり、さらにウイリアムズ、BMWザウバーもレース中にエンジンブローするなど新V8エンジンにとっては非常に厳しいレースとなった。
スーパーアグリF1は佐藤琢磨がトラブルフリーのレースを落ち着いて走りきり14位完走。井出有治はリタイアに終わっている。
