東京マラソン2009は、22日午前9時05分に車いすマラソンと同10km組からスタートする。交通規制は午前6時から午後4時25分まで、都内コースの各所で実施される。
マラソンコースは、東京都庁〜飯田橋〜皇居前〜日比谷〜品川〜銀座〜日本橋〜浅草雷門〜築地〜豊洲〜東京ビッグサイトまでの42.195km。
いちばん早い規制は、スタート地点の東京都庁周辺（都庁通りなど）で午前6時から同10時15分まで。その後、スタート時間に近付くにつれて、スタート付近の交通規制は始まるが、日比谷までの区間はいずれも午前中に解除される。
日比谷から東京ビッグサイトまでの区間は、午前中から規制が始まり、早くても終了するのは午後3時過ぎになる。
最も規制時間が長いのは、ゴール手前の春海橋西〜東雲1（晴海通り）までと、ゴール地点の東雲1〜東京ビッグサイト（晴海通りなど）までの区間。前者は午前10時から午後4時までの6時間。後者は午前10時5分から午後4時25分まで6時間20分間、車両の通行が禁止される。歩行者がコースを横切ることもできない。
交通規制中は、車両は規制区間を迂回するか、首都高速の利用。歩行者は歩道橋や地下鉄出入口の利用を、警視庁は呼びかけている。
