NEXCO中日本（中日本高速道路）によると、NEXCO中日本が管理する高速道路で2009年3月28日 - 4月15日の間に、ETC通勤割引の回数特例の対象となる走行をした一部の利用者の料金に、ETC通勤割引が適用されていないことが4月23日に判明した。
通常、ETC通勤割引は、朝夕各時間帯で割引適用回数を1回に制限している。3月28日から、一部の一般有料道路にも新たにETC通勤割引を導入し、その際回数特例として特定の道路（料金所）を連続走行した場合、別々に料金を払う複数の走行回数を1回とみなし、両方の料金に通勤割引を適用する措置をNEXCO中日本では開始した。
回数特例が適用される走行のうち、八王子バイパスもしくは東富士五湖道路を走行した後に、東名高速か中央道の特定のIC間を走行した場合に、2番目の走行となる東名高速か中央道の料金がETC通勤割引が適用されていないことが判明した。原因は請求時に回数特例の対象となる走行を抽出するプログラムの設定に一部誤りがあったこと。
該当する利用者には、割引を適用した金額に修正したうえで請求する。一部の利用者は、割引未適用のまま請求されるが、次月の請求時に減額の調整を行うと、NEXCO中日本は発表している。
