NEXCO系高速道路との乗継料金を巡って、最も活発な議論が交わされたのが本四高速の新料金だった。かつては本四高速料金が3000円。それにNEXCO系の上限料金を単純に加算して上限5000円という乗継料金案も示されたことがある。
だが、結局は、その半額の上限2500円まで引き下げられて決着した。
関係する国会議員や地方議員は、フェリーなど公共交通に配慮を求める一方で、高速道路料金は「本四高速も含めて全国一律が望ましい」という主張を繰り返し、国交省も、「地方の求める高速道路の全国一律制度を視野に入れて、一定の配慮が必要である」と応じた。
例えば、普通車と軽自動車などの乗継料金を比較すると、普通車の乗継加算が500円に対して、軽自動車などは1000円。池口修次国土交通副大臣は「ある意味、特別料金だ」と、話した。
割引が広がれば、マイナスとなる料金収入分の財源をどこかで探しだだなければならない。そのため本四高速の新料金は2011年度限り。NEXCO系新料金のように3年間維持することを前提としない。
2012年度に向けて、地方負担を含めた新たなスキーム作りのための話し合いを始めなければならない。
▼普通車
平日＝ETC車・現金車ともに2000円
土日祝日＝ETC車は1000円 現金車は2000円
※本四とNEXCO系を乗り継ぐ場合
平日＝ETC車・現金車ともに、2000円＋上限特別料金500円＝2500円
土日祝日（ETC車）＝1000円＋上限1000円＝2000円
土日祝日（現金車）＝2000円＋上限2000円＝4000円
▼軽自動車・二輪車・エコカー
平日＝ETC車・現金車ともに1000円
土日祝日＝ETC車・現金車ともに1000円
※本四とNEXCO系を乗り継ぐ場合
平日＝ETC車・現金車ともに、1000円＋上限1000円＝2000円
土日祝日（ETC車）＝1000円＋上限1000円＝2000円
土日祝日（現金車）＝1000円＋上限1000円＝2000円
◎料金の前に上限とついている場合は、通行料金が上限に達した場合を想定。上限に達しない場合は、その分だけ通行料金が低くなる。
