JR東日本は、首都圏在来線の運転を発表した。12日午前4時40分発表の情報によると、山手線は午前8時頃からの運転再開を予定。通常の3割から5割程度の運転本数となる。
また、以下の在来線では、山手線より1時間ほど早い同日午前7時頃から運転を再開する。運転本数は山手線同様で3割から5割程度となる。
・中央快速線（全線）
・青梅・五日市線（全線）
・中央総武緩行線（全線）
・埼京線（大崎～大宮）
・京浜東北・根岸線（大宮～桜木町）
・常磐快速線（上野～我孫子）
・常磐緩行線（綾瀬～取手）
・東海道線（東京～熱海）
・横須賀線（大船～逗子）
・総武快速線（東京～千葉）
・横浜線（全線）
・南武線（全線）
・高崎線（全線）
特急列車は運転を再開しても、大幅な運休が発生する見込みだ。
