上越新幹線と北陸（長野）新幹線に再開の見通しが出てきた。予定は12日午後4時から。死傷者はないが脱線車両があり、11日午後2時の地震発生直後から運転を休止していた。
東北新幹線は始発から運転を取り止めている。
また11時30分現在、JR東日本管内の在来線のうち運転を見合わせ中のものは20路線。17路線は通常ダイヤの30％から70％で運転を再開している。
再開路線は以下のとおり。割合は通常ダイヤとの比較。括弧の表記がある路線は区間運転。
・東海道線（東京～熱海） 60〜70％
・山手線 30％から50％
・埼京線（大崎～大宮）30〜50％
・南武線 60～70％
・武蔵野線（府中本町～西船橋） 30〜50％
・横浜線 60～70％
・京浜東北線 60～70％
・横須賀線（大船～逗子） 60～70％
・相模線（茅ケ崎～海老名） 60～70％
・中央線 30～50％
・青梅線 30～50％
・五日市線 30～50％
・常磐線緩行（綾瀬～取手）、同快速（上野～我孫子） 30～50％
・川越線 30～50％
・高崎線 30～50％
・総武線緩行（お茶の水～千葉）、同快速（東京～千葉） 30～50％
・成田線（佐倉～成田空港） 成田エクスプレスの一部を運行
