熱帯のスコールに翻弄されたF1マレーシアGP（決勝25日）でアロンソを勝利に導いたのは、神技に近いフェラーリの奇跡的なレースストラテジーだった。
レース終盤のペレス（ザウバー）の追い上げは、初優勝さえ予想させる速さと粘りを兼ね備えていたが、6周を残したところで彼はラインを外してオーバーランしてしまった。アロンソは辛くもザウバーの追撃を振り切り優勝、2.2秒遅れてペレスが初表彰台に繋がるフィニッシュラインをくぐった。
3位はポールポジションからスタートしながら中盤のピットストップでタイムロスしたハミルトン（マクラーレン）。4位はウェーバー（レッドブル）。5位ライコネン（ロータス）。6位のセナ（ウイリアムズ）も思わず息を呑むようなドライビングを披露した。
バトン（マクラーレン）はカーティケヤン（HRT）と接触しフィールド最後尾にポジションを落とした。ベッテル（レッドブル）もカーティケヤンとの接触で左リヤタイヤをバーストさせて緊急ピットイン、フィニッシュ時点で11位の挽回がやっとだった。
降水域がセパンサーキットに到達したのは、スタート10分前という最悪のタイミングだった。HRTの2台を除く全車がインターミディエイトを選択。ハミルトンがバトンを制して1コーナーに入り、メインストレートよりも先に完全ウェット状態となったセクター2へと飛び込んだ。
グロージャン（ロータス）も見事なスタートを決めたが、ターン4でシューマッハ（メルセデスAMG）に接触し、スピンさせてしまい両車はピットイン。コースは車体が浮き上がるようなウェット部分と、比較的ドライな場所が混在したことがタイヤ選択を難しくした。結果的には全車がフルウェットに交換する中で、早い段階で決断したペレスがマクラーレン2台を追う3番手に浮上した。
マレーシア特有の雨が勢いを増してセーフティーカーが介入したが、2周の先導走行後のラップ9に赤旗が宣言された。
50分を超す中断の末にレースはSC先導で再開し、数ラップ後にはリスタートとなった。バトンが早いピットに入ったが、彼を除く上位勢全員がステイアウトした。ハミルトンがピットレーン混雑で後れを取るなどシャッフルが一巡すると、アロンソが先頭に立っており、ペレスがこれを追う状況となった。バトンとカーティケヤンの接触があったのはその直後のことだった。
当初アロンソが楽々と引き離し、2番手のペレスも3位以下に余裕のギャップを確保する状況だったが、コースが乾きはじめるとペレスが攻勢に出る。彼の積極的なドライブは全車スリック交換後も続くが、「2位フィニッシュ確保を優先せよ」とチーム指令が出た矢先にラインを外し、ポジションこそ失うことはなかったが、アロンソとのギャップはやや開いたままフィニッシュを迎えた。
