北海道エアシステムが発表した2012年度（2012年4月～2013年3月）の旅客輸送実績は、前年度比1.9％減の14万2922人となり、前年を下回った。
搭乗人数が低調だった路線を運休にしたこともあって、搭乗率は前年度と比べて1.1ポイントアップして51.0％となった。
2012年度の旅客人数は下り便が7万1102人、上り便が7万1820人となった。
路線別では丘珠～函館が同15.6％増の7万2284人で搭乗率が55.3％、丘珠～釧路が同11.5％減の3万2508人で搭乗率が49.9％だった。
函館～奥尻が同5.5％増の9036人で搭乗率が38.1％、丘珠～利尻が前年の約3倍となる1万3224人で搭乗率が54.6％だった。
年度途中で運休した函館～旭川は搭乗率が35.2％、丘珠～女満別は搭乗率が45.6％だった。
