JR九州は6月19日、2012年7月の九州北部豪雨により運休中の豊肥本線宮地～豊後竹田間34.6kmについて、8月4日の始発列車から運転を再開すると発表した。
従来は8月末の再開を予定していたが、復旧工事が順調に進んだため前倒しした。これにより豊肥本線は熊本～大分間148.0km全線が復旧する。
豊肥本線経由の特急列車「九州横断特急」は現在、別府・大分～豊後竹田間と宮地～熊本～人吉間で運転されているが、全線再開後は別府・大分～熊本～人吉間での運転となる。ただし、別府発豊後竹田行き「九州横断特急47号」と宮地発人吉行き「九州横断特急7号」は運転区間の見直しを行い、別府発熊本行きの「九州横断特急101号」と熊本発人吉行きの「くまがわ3号」に整理する。
