東武鉄道は6月25日、東上線の踏切で遮断機が下りていない状態のまま列車が通過したと発表した。
6月25日0時5分頃、東上線つきのわ駅を定時に通過した小川町発23時57分の森林公園行き回送列車が森林公園～つきのわ間の第280号踏切（埼玉県滑川町）に接近したところ、運転士が踏切の遮断機が上昇するのを確認した。運転士は非常ブレーキをかけたが間に合わず、先頭車両の先端が踏切を5m過ぎたところで停車した。歩行者や乗用車などへの接触はなかった。
夜間の保線作業では、最終列車の通過確認後に踏切装置の警報音鳴動や遮断機降下を停止させるための操作を行うが、担当の係員は最終列車が通過したと思い込んで停止操作を行っていた。停車した回送列車は踏切の安全を確認、現場で約20分間停車した後、最徐行して通過した。
また、伊勢崎線（東武スカイツリーライン）でも同日11時40分頃、中目黒発10時2分の東武動物公園行き普通列車が、本来は停車駅であるはずの北春日部駅（埼玉県春日部市）を通過するというトラブルがあった。
普通列車が同駅に進入した際、線路の開通方向が停車列車用の線路ではなく、通過列車用の線路に設定されていた。これに気づいた運転士が非常ブレーキをかけてホームから約200m手前で停止したが、後続列車が接近していたことから、後退して停車列車用の線路に進入することができず、同駅を通過して次の停車駅である姫宮駅まで運転した。北春日部駅の係員が、停車列車と通過列車の順序を誤って進路を設定し、運転士の進路確認も遅れたためという。
東武鉄道は両線のトラブルについて、「再発防止を図るべく、基準作業の徹底を指導」するとしている。
