JR北海道は7月31日、出火事故の影響による特急の一部運休について、9月1日以降も引き続き実施すると発表した。これまで8月31日までの運転計画が発表されていたが、事故原因の究明などに時間を要する見通しで車両の手配も困難なことから、減便体制を継続する。
9月1日から30日までの運転計画によると、運休する特急列車は函館方面が『スーパー北斗15号』『北斗5・11・19・4・8・14・20号』、稚内方面が『サロベツ』、釧路方面が『スーパーおおぞら5・9・4・10号』。
運休列車の代替となる臨時列車は、札幌～函館間の特急『北斗91・84号』の運転が決まっている。それ以外の臨時列車は決定次第発表する予定。このほか、『スーパーおおぞら6号』が白糠、浦幌、トマムの各駅に臨時停車する。