国土交通省が9月20日15時時点の情報としてまとめたところによると、台風18号の影響で運休が続いていた鉄道路線のうち、JR北海道の根室本線（花咲線）厚岸～根室間が9月19日19時10分、JR東日本の奥羽本線八郎潟～東能代間が同日9時52分、それぞれ運転を再開した。
現在も運休が続いているのは、JR東日本の飯山線戸狩野沢温泉～森宮野原間22.2kmとJR東海の飯田線平岡～天竜峡間22.4km、京阪電気鉄道の京津線御陵～浜大津間7.5km、信楽高原鐵道の信楽線貴生川～信楽間14.7km、六甲摩耶鉄道の六甲ケーブル線六甲ケーブル下～六甲山上間1.7km。
いずれも橋りょうが流失するなどの大きな被害が発生しており、バスなどによる代行輸送が実施されている。
