太田昭宏国土交通大臣は11月15日の閣議後会見で、JR北海道のレール検査データの改ざんについて「鉄道事業の安全確保の仕組みを覆す大変な問題」とした上で、14日から行っている3回目の特別保安監査で原因や背景、動機などを含め「徹底的な調査を行う必要がある」と述べた。
2度の監査で改ざんを見抜けなかったことを踏まえ、国交相は「本当に真実の聞き取りができているかが疑われているので、直接現場に入り、多くの人から話を聞き、物的な確認をすることを徹底してやるよう指示した」と述べ、さらに「経営部門も含めて問題の背景をとらえたい。厳しい態度で臨みたい」と述べた。
JR北海道の経営陣の責任問題については「重大な責任があるのは当然のことだが、進退については現時点では、安全運行に徹底して全力を挙げるようにということが基本姿勢だ」と述べるにとどめた。
