国土交通省の調査（8月17日10時時点）によると、福知山線は丹波竹田～福知山間の線路が水につかり、道床の流出が発生している。市島駅と丹波竹田駅も冠水した。この影響で同線は篠山口～福知山間の運転を見合わせている。
園部～福知山～和田山間の運転を見合わせている山陰本線では高津駅が冠水し、同駅構内の高圧配電線が断線した。
養老線美濃松山～養老間の運転を見合わせていた養老鉄道は運転を再開。長良川鉄道は豪雨や落雷の影響で列車の運行に障害が発生したため、越美南線全区間の運転を見合わせている。
8月17日18時10分までにまとめた、主な運転見合わせ区間は以下の通り。
■JR東海
高山本線 下呂～猪谷
■長良川鉄道
越美南線 ※全区間
■JR西日本
福知山線 篠山口～福知山
山陰本線 園部～和田山
舞鶴線 ※全区間
