欧州連合（EU）は10月28日、JR東日本・JR東海・JR西日本の本州3社を世界貿易機関（WTO）の政府調達協定の対象から除外することに同意した。
現在のJR旅客6社とJR貨物は1987年、国鉄分割民営化により発足。完全民営化までは、日本国有鉄道清算事業団（現在の鉄道建設・運輸施設整備支援機構）が株式を保有する特殊会社として経営することになり、これに伴い旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律（JR会社法）が制定された。
JR旅客6社のうち経営が比較的良好に推移した本州3社は株式の上場を順次実施。2001年には完全民営化に向けてJR会社法の対象から外れたため、日本政府は本州3社をWTO政府調達協定の対象から除外するための修正通報を行ったが、EUと米国、カナダが異議を申し立てたため除外されなかった。
しかしその後、2006年までに米国とカナダが異議申し立てを順次撤回。EUも異議撤回をWTO政府調達委員会に通報したことから、本州3社が協定の対象から除外された。
本州3社は協定により政府機関に準じた国際入札の実施を義務づけられてきたが、協定の対象から外れたことで資材調達の自由度が高まることになった。これを受けて太田昭宏国土交通大臣は「わが国からの長年にわたる働きかけにこたえて、JR本州3社を協定上も完全に民営化された民間企業として取扱うことに同意した、今般のEUの措置を歓迎いたします」とコメントした。
協定対象から除外された本州3社もコメントを発表。協定の対象除外となったことを歓迎する一方、「今後も国内外を問わず優れた技術・製品を導入していくという方針に変わりはありません」（JR東日本）などとしている。
