商船三井は、米国コンテナ・ターミナル子会社との取引の一部を寄附金とする更正処分について、国税不服審判所所長が同社の主張を認容、当初の更正処分を取り消す裁決書を受領した。
裁決の結果、法人税等追徴額（地方税も含む）は、全額還付されることとなり、還付加算金と併せて約15億円が還付される見込み。
東京国税局が同社と子会社とのコンテナ荷役取引に関する寄附金課税の更正処分について、同社は2010年8月20日に異議申立てを行い、2013年6月27日に原処分の一部を取り消す異議決定書を受領した。
しかし、同年7月25日付で、原処分の取り消しが認められなかった部分があったことから、全額取り消しを求め、国税不服審判所に対し審査請求した。担当審判官に同社の取引の正当性を訴えた結果、同社の主張が全面的に認容された。
同社と米国子会社との取引に対する移転価格課税部分も含めた総還付額（地方税も含む）は、当初49億円の追徴税額に対して、計46億円が還付されることになる。
今回の還付により、第3四半期決算で既に還付を請けた額を除いた15億円を当期利益に計上するが、業績への重要な影響はないことから、業績見通しは修正しない。
