大雨の影響で、関東と東北を中心に鉄道路線の運転見合わせが続いている。国土交通省や鉄道各社の発表によると、一部の路線で橋りょうの流出など、大きな被害が発生している。
東武鉄道では、伊勢崎線（東武スカイツリーライン）のせんげん台駅で線路が冠水。日光線は新大平下～栃木間で道床の一部が流出し、下小代駅でも土砂が流入した。新鹿沼～北鹿沼間では盛土の流出で電路柱が倒壊するなどの被害が発生している。宇都宮線は安塚～西川田間の姿川第2橋りょうで橋台と橋桁が流出。鬼怒川線は新高徳～小佐越間で盛土が流出し、小佐越～鬼怒川温泉間でも線路砕石の流出などが発生している。
野岩鉄道では、会津鬼怒川線の上三依塩原温泉口～男鹿高原間で土砂が流入。東京電力の送電鉄塔が傾いて送電線が断線したため、停電も発生している。関東鉄道の常総線は鬼怒川堤防の決壊により線路が冠水した。
9月11日5時までにまとめた運休区間は以下の通り。東武日光線の南栗橋以北は7時頃から南栗橋～新鹿沼間と下今市～東武日光間で運行を再開する見込みだ。小湊鉄道線は里見～上総中野間で運転を見合わせ、バスによる代行輸送を実施する。
JR東日本 山形新幹線
JR東日本 日光線 ※全線
JR東日本 奥羽本線（山形線） 庭坂～米沢
JR東日本 常磐線 浜吉田～仙台
JR東日本 仙山線 ※全線
JR東日本 仙石線 ※全線
JR東日本 東北本線（仙石東北ライン） ※全線
JR東日本 東北本線 藤田～仙台～一ノ関
JR東日本 石巻線 ※全線
JR東日本 大船渡線 一ノ関～気仙沼 ※大船渡線BRTは平常運転
JR東日本 釜石線 遠野～釜石
JR東日本 気仙沼線 前谷地～柳津 ※気仙沼線BRTは平常運転
JR東日本 只見線 会津若松～会津川口
JR東日本 陸羽東線 ※全線
仙台空港鉄道 仙台空港線（仙台空港アクセス線） ※全線
阿武隈急行 阿武隈急行線 ※全線
会津鉄道 会津線 会津田島～会津高原尾瀬口
野岩鉄道 会津鬼怒川線 ※全線
東武鉄道 日光線 南栗橋～東武日光
東武鉄道 宇都宮線 ※全線
東武鉄道 鬼怒川線 ※全線
関東鉄道 常総線 ※全線
小湊鉄道 小湊鉄道線 里見～上総中野
