9月9日から11日にかけての大雨の影響で運転を見合わせた鉄道各線は順次復旧した。9月12日6時45分までにまとめた運休区間は以下の5社8線となっている。
JR東日本 日光線 宇都宮～鹿沼
JR東日本 只見線 会津若松～会津川口
野岩鉄道 会津鬼怒川線 全線
関東鉄道 常総線 全線
東武鉄道 日光線 新鹿沼～下今市
東武鉄道 宇都宮線 安塚～西川田
東武鉄道 鬼怒川線 全線
小湊鉄道 小湊鉄道線 里見～上総中野
いずれの区間も土砂流出などの大きな被害が発生し、復旧には時間がかかると見られる。このほか、運行を再開した区間でも一部の列車が運休。東武鉄道ではJR直通列車を含む全ての日光線特急が運休している。
各社の発表によると、東武鉄道は運休区間でバスによる代行輸送を実施するが、「（バスの）運行台数に限りがございますので、お出かけの際はご注意下さい」と呼びかけている。小湊鉄道線も運休区間の里見～上総中野間で、バスによる代行輸送を実施。関東鉄道常総線は、運休区間のうち取手～守谷間のみ代行バスを運行している。