JR北海道とJR東日本の2社は9月16日、北海道新幹線新青森（青森市）～新函館北斗間（北海道北斗市）の開業日を2016年3月26日に決めたと正式に発表した。これに伴い、青森～札幌間の急行『はまなす』などが廃止される。
2社の発表によると、北海道新幹線の運行本数は13往復。このうち東北新幹線から直通する東京～新函館北斗間の『はやぶさ』が10往復を占める。このほか、仙台～新函館北斗間の『はやぶさ』1往復と盛岡～新函館北斗間の『はやて』1往復、新青森～新函館北斗間の『はやて』1往復が運行される。車両はいずれもH5系・E5系の10両編成になる。
所要時間は今回、正式な発表がなかった。2社は詳細な運行計画について「決定次第お知らせいたします」としている。
北海道新幹線の開業に伴い、在来線列車の運行体系も変更される。函館～札幌間の特急『スーパー北斗』『北斗』は12往復とし、全ての列車が新函館北斗駅に停車。「新幹線に合わせた利便性」を確保するという。また、函館本線の函館～新函館北斗（現在の渡島大野）間で、新幹線アクセス列車『はこだてライナー』を新たに16往復運行。車両は原則として3両編成の電車を使用する。
このほか、新青森～函館間の特急『スーパー白鳥』『白鳥』、青森～札幌間の夜行急行『はまなす』、上野～札幌間の臨時寝台特急『カシオペア』は、北海道新幹線の開業に伴い廃止されることが正式に決まった。
JR在来線では、速達料金が別途必要な急行列車として普通急行（急行）と特別急行（特急）が運行されているが、このうち定期運行の急行は現在、『はまなす』しか運行されていない。『はまなす』とは別に新しい急行が新設されない場合、JR線から定期運行の急行が姿を消すことになる。
