JR北海道は10月13日、国土交通大臣に北海道新幹線新青森（青森市）～新函館北斗（北海道北斗市）間148.8kmの特急料金の上限額を申請した。新青森～新函館北斗間の運賃・料金は、普通車自由席が6740円。2016年3月26日の開業に向け、営業面の手続きも本格化している。
同社が今回申請したのは、北海道新幹線の自由席特急料金の上限額（上限料金）。実際に適用する料金（実施料金）とグリーン料金・グランクラス料金は、今回の上限料金が認可された後に届け出る予定だ。運賃は認可済みの現行運賃が適用されるが、現在の在来線とは路線の種別や距離が変わるため、実質的には変更される。
申請の概要によると、自由席特急料金の上限料金は、新青森～木古内・新函館北斗間と奥津軽いまべつ～新函館北斗間が3930円、それ以外の隣接駅間が1990円。実施料金は新青森～新函館北斗間のみ上限額と同じ3930円になるが、新青森～木古内間と奥津軽いまべつ～新函館北斗間は2800円、奥津軽いまべつ～木古内間は1490円、それ以外の隣接駅間は1310円になる予定だ。
指定席特急料金は通常期の場合、実施料金ベースで自由席料金の520円増し。新青森～木古内間と奥津軽いまべつ～新函館北斗間が3320円、新青森～新函館北斗間が4450円になる。ただし、隣接駅間は上限料金ベースの520円増しで2510円になる。
グリーン料金とグランクラス料金は新青森～新函館北斗間の場合、グリーン料金が2750円、グランクラス料金が7890円（シートのみサービスは5840円）。いずれも通常期の指定席特急料金から520円引いた金額にグリーン料金またはグランクラス料金を加えた額で発売される。
新青森～新函館北斗間の運賃は、今回の発表ではJR北海道の幹線運賃（141～160km）と同額の2810円とされている。現在の運賃と比較した場合、新青森駅から新函館北斗駅が併設される渡島大野駅までの運賃（3570円）に比べ760円安い。新青森～（北海道新幹線）～新函館北斗～（函館本線）～函館間では、現在と同じ3240円になると見られる。
この結果、運賃と各種料金をあわせた金額は、新青森～新函館北斗間で普通車自由席が6740円、普通車指定席（通常期）が7260円、グリーン車が9490円、グランクラスが1万4630円、グランクラス（シートのみサービス）が1万2580円になる。新青森～函館間で運行されている現在の在来線特急『白鳥』『スーパー白鳥』と比べると、普通車とグリーン車は1770円高くなる。
JR北海道は、所定運賃・料金の切符とは別に割引切符も設定する方針だ。同社は割引切符の設定例として新青森～新函館北斗間を挙げており、発売額は普通車指定席・大人・片道の場合で所定運賃・料金の4割引になる4350円としている。割引切符は早期申込みやインターネット予約などに限定して発売することを検討しているという。
