JR東日本とJR北海道の2社は10月13日、東北新幹線と北海道新幹線をまたがって利用する場合の特急料金などの予定額を発表した。指定席特急料金（通常期）は『はやぶさ』の場合、東京～新函館北斗間が1万1130円。運賃も含めた金額は2万2690円になる。
JR北海道が運営する北海道新幹線は2016年3月26日、新青森（青森市）～新函館北斗（北海道北斗市）間148.8kmが開業する予定。JR東日本が運営する東北新幹線と新青森駅で接続し、東京～新函館北斗間を直通する『はやぶさ』と、盛岡・新青森～新函館北斗間を結ぶ『はやて』が運行される。JR北海道が北海道新幹線の特急料金を申請したのにあわせ、2社は東北・北海道の両新幹線をまたがって利用する場合の特急料金の予定額も公表した。
それによると、東北新幹線の各駅から北海道新幹線の各駅まで利用する場合の『はやぶさ』特急料金は、原則として両新幹線の特急料金を合算するが、指定席特急料金は全区間通して1席分の座席指定料金（通常期は520円）になる。盛岡～新函館北斗間の『はやて』も『はやぶさ』の特急料金と同額になる。
七戸十和田～北海道新幹線各駅間の指定席特急料金は、七戸十和田～新青森間を立席で利用する場合の特定特急料金と、北海道新幹線の立席特急料金（木古内・新函館発着）か特定特急料金（奥津軽いまべつ発着）を合算し、座席指定料金を加えた金額に。東北新幹線各駅～奥津軽いまべつ間の指定席特急料金は、東北新幹線を立席で利用する場合の立席特急料金（東京～八戸間各駅発着）か特定特急料金（七戸十和田発着）と、新青森～奥津軽いまべつ間を立席で利用する場合の特定特急料金を合算し、座席指定料金を加えた料金にする。
東京～新函館北斗間で『はやぶさ』の普通車指定席（通常期）を利用する場合、東京～新青森間の指定席特急料金（7200円）と新青森～新函館北斗間（4450円）の合算額は1万1650円になるが、このまま合算すると座席指定席料金が2席分になるため、1席分（520円）を引いた額の1万1130円になる。これに運賃（1万1560円）を加えた金額は2万2690円になり、現在の東京～函館間（『はやぶさ』～『白鳥』『スーパー白鳥』の乗継ぎ）に比べ2490円高くなる。
グリーン料金とグランクラス料金も、両新幹線ごとに設定された料金を合算。東京～新函館北斗間の『はやぶさ』グリーン料金は7890円で、それ以外の運賃や料金も加えた総額は3万0060円になる。ただし、グランクラスは両新幹線をまたがって利用する場合の料金を別に設定し、これを合算する形になる。
東北新幹線東京～新青森間のグランクラス料金は1万0280円で、北海道新幹線新青森～新函館北斗間のグランクラス料金は7890円の予定だが、両新幹線にまたがって東京～新函館北斗間を利用する場合は東京～新青森間が9250円、新青森～新函館北斗間が6860円になり、これを合算して1万6110円になる。運賃と『はやぶさ』特急料金を含めたグランクラス利用の総額は、3万8280円の予定だ。
それ以外の主な区間の運賃・料金は、仙台～新函館北斗間の『はやぶさ』が普通車指定席（通常期）で1万7310円、グリーン車で2万3650円、グランクラスで3万1870円に。盛岡～新函館北斗間の『はやぶさ』『はやて』は、普通車指定席（通常期）が1万2880円、グリーン車が1万7170円、グランクラスが2万5390円になる。
