最大震度7の地震発生から一夜明けた4月15日の朝、九州地方の鉄道路線は熊本県内を中心に、一部で運転を見合わせる。
国土交通省とJR九州の発表によると、九州新幹線は地震の発生により、熊本駅から熊本総合車両所（熊本車両基地）に向かっていた6両編成の回送列車が全軸脱線した。15日も初発から博多～鹿児島中央間の全線で運転を見合わせる。
在来線は鹿児島本線の荒尾～熊本～八代間、豊肥本線の熊本～宮地間、肥薩線の八代～吉松間、三角線の宇土～三角間で運転を見合わせる。特急『有明』『あそぼーい！』『A列車で行こう』『九州横断特急』やSL列車『SL人吉』も終日運休する。それ以外の路線は初発から所定の時刻で運行する。
熊本市交通局は「運行に支障ないことが確認できた」として、初発から市電の運行を行う。熊本電気鉄道も被害が発生した場所の復旧を済ませたとし、初発から通常運行を行う予定だ。肥薩おれんじ鉄道（5時50分時点）は八代～肥後高田間で線路点検を行っており、肥後高田駅での折返し運転を行っているとしている。
