国土交通省や鉄道各社局の発表によると、熊本地震による鉄道の運休距離は、4月18日の18時30分時点で558.5km（営業距離ベース）。鹿児島本線（熊本以北）などの再開により、全体では600kmを割り込んだ。
鹿児島本線は13時20分から荒尾～熊本間で列車の運転を再開したが、熊本駅構内で点検の必要な部分が見つかり、再び運転を見合わせた。その後、荒尾～玉名間の運転を再開し、18時頃から玉名～熊本間の運転も再開している。
このほか、肥薩おれんじ鉄道が全線の運転を再開。熊本電気鉄道も藤崎宮前～北熊本～御代志間の運転を再開した。
国土交通省によると、運転の見合わせが続く南阿蘇鉄道では、立野～長陽間のトンネル内壁にひび割れが確認された。橋りょうのゆがみなども発生しているようだが、詳細は不明という。
4月18日18時30分までにまとめた運休区間は以下の通り。これ以外の区間でも、一部で列車の遅れが発生している。
●JR線
JR九州 九州新幹線 博多～鹿児島中央（※全線） 288.9km
JR九州 鹿児島本線 熊本～八代 35.7km
JR九州 豊肥本線 熊本～豊後竹田 88.0km
JR九州 肥薩線 八代～吉松 86.8km
JR九州 三角線 宇土～三角（※全線） 25.6km
●私鉄・公営・第三セクター
熊本市交通局 幹線 熊本駅前～水道町（※全線） 3.3km
熊本市交通局 水前寺線 水道町～水前寺公園（※全線） 2.4km
熊本市交通局 健軍線 水前寺公園～健軍町（※全線） 3.0km
熊本市交通局 上熊本線 辛島町～上熊本駅前（※全線） 2.9km
熊本市交通局 田崎線 田崎橋～熊本駅前（※全線） 0.5km
熊本電気鉄道 菊池線 上熊本～北熊本 3.4km
南阿蘇鉄道 高森線 立野～高森（※全線） 17.7km
岡本製作所 別府ラクテンチケーブル線 雲泉寺～乙原（※全線） 0.3km ※4月20日再開予定
