台風の影響で一部の路線の運転を見合わせているJR北海道は9月5日、同日17時時点の運行情報を発表した。
函館本線は全線で運転を再開。根室本線は芽室～池田間で普通列車の運転を再開し、運休区間は富良野～新得～芽室間に縮小した。この区間は橋りょうや路盤の流出が多数発生しており、当面の間は全列車運休となる。再開のめどは立ってない。
日高本線の苫小牧～鵡川間、石北本線の上川～白滝間、釧網本線の釧路～知床斜里間、石勝線の新夕張～新得間も、引き続き運休中だ。このうち石北本線の上川～白滝間は、10月中旬の運転再開を目指して応急復旧工事が行われており、運休区間より広い上川～遠軽間でバスによる代行輸送が行われている。
特急列車は札幌～帯広・釧路間の『スーパーおおぞら』『スーパーとかち』、札幌～北見・網走間の『オホーツク』が全区間の運転を見合わせている。
