連続して襲来した台風などの影響により、多くの路線で運転を見合わせているJR北海道は、9月13日17時時点の運行状況と今後の予定を発表した。宗谷本線は運転を再開しており、釧網本線も14日には一部の区間で再開する。
JR北海道の発表などによると、13日17時時点で運転を見合わせているのは、日高本線の苫小牧～鵡川間と石勝線のトマム～新得間、根室本線の富良野～新得～芽室間、石北本線の上川～白滝間、釧網本線の東釧路～知床斜里間。このほか、日高本線の鵡川～様似間も2015年1月の水害で運休が続いている。これら運休区間の営業距離は計458.4kmで、JR北海道全体の営業距離（2480.9km）の約18％におよぶ。
宗谷本線は全区間で運転を再開した。釧網本線は9月14日の14時以降、東釧路～摩周間の運転を再開し、運休区間を摩周～知床斜里間に縮小する。
特急列車は、札幌～帯広・釧路間の『スーパーおおぞら』『スーパーとかち』と、札幌～北見・網走間の『オホーツク』が全ての区間で運休している。札幌～稚内間の『スーパー宗谷』『サロベツ』は再開し、14日から所定ダイヤでの運転になる。
代行バスは引き続き、石勝線・根室本線のトマム～帯広間と石北本線の上川～遠軽間で運転されている。石北本線の代行バスは、9月14日から上下各3本に増強。旭川～上川間と遠軽～網走間でも、9月14日から臨時快速の運行を始める。臨時快速の運行本数は旭川～上川間が下り1本、遠軽～網走間が上下各2本。
『オホーツク』は10月中旬の再開を目指しており、『スーパーおおぞら』『スーパーとかち』は早くても12月以降の再開になるとみられる。
