台風の影響で運休しているJR北海道の各線のうち、ケーブル断線の影響で運転を見合わせていた日高本線の苫小牧～鵡川間が、9月16日の初発から運転を再開した。
線路冠水の影響で運転の見合わせが続いていた釧網本線の摩周～知床斜里間も、9月16日の14時から運転を再開。これにより同線は全区間での運転を再開した。
9月16日14時30分時点でまとめた、全国各地の運休区間は以下の通り。今回の台風の影響で運転を見合わせている区間（※）は、JR北海道の3区間とJR東日本の1区間まで縮小された。
●JR北海道
石北本線 上川～白滝 37.3km（※）
根室本線 富良野～新得～芽室 111.9km（※）
石勝線 トマム～新得 33.8km（※）
日高本線 鵡川～様似 116.0km
●JR東日本
山田線 上米内～川内 51.6km
山田線 川内～茂市 25.5km（※）
山田線 宮古～釜石 55.4km
大船渡線 気仙沼～盛 43.7km
気仙沼線 柳津～気仙沼 55.3km
只見線 会津川口～只見 27.6km
常磐線 竜田～小高 36.6km
常磐線 相馬～浜吉田 22.6km
●大井川鐵道
井川線 接岨峡温泉～井川 10.0km
●JR九州
豊肥本線 肥後大津～阿蘇 27.3km
●南阿蘇鉄道
高森線 立野～中松 10.5km
