11日、国土交通省航空局はANA（全日本空輸）に対して安全運航確立のための改善指示を伴う厳重注意を行った。
同日午後、内薗幸一副社長が同省を訪れ、高野滋航空局安全部長が、10月25日までに改善点について報告するように求めた。
航空局は同社に対して、以下の原因究明と再発防止策を命じた。
・保安検査場での搭乗手続きの確認手順と体制の見直し
・搭乗口での確認手順の見直しと徹底
・搭乗旅客数の確実な把握方法の構築
同社は9月30日、福岡空港14時10分発のANA256便の運航で、乗客の1人を搭乗手続きが終わらないまま保安検査場と搭乗ゲートを通過させ、乗客はそのまま搭乗。座席がないことが機内でわかった時には、256便はドアクローズし、滑走路の牽引車によるプッシュバック（押し出し）を開始した直後だった。機内が満席であったために、そのことが判明した。
国土交通省は8月5日に新千歳空港のエアドゥで発生した保安検査すり抜け事案後、航空各社に再発防止策を指示していた。
内薗副社長は「支給原因究明と再発防止策を検討し、期日までに報告する。ご迷惑をおかけし、お詫びします」と、述べた。
