災害による鉄道路線の長期運休区間は、2016年12月末時点で475.5km。同年11月末に比べ112.1km減少した。
2016年8月の台風被害で運休中の路線のうち、石勝線トマム～新得間と根室本線新得～芽室間、山田線川内～茂市間が再開。残りは根室本線の東鹿越～新得間だけとなった。同区間を含む根室本線富良野～新得は、JR北海道がバス転換を軸に沿線自治体と協議する方針を示している。
東日本大震災の運休区間では、常磐線の相馬～浜吉田間がルートを内陸側に変更して再開。既に再開していた小高～相馬間とつながり、同区間の「孤立状態」が解消された。
日高本線鵡川～様似間は、上下分離方式の導入などが沿線自治体に受け入れなかったとして、バス転換を軸に協議を進めていく方針をJR北海道が発表した。一方、只見線会津川口～只見間は、沿線自治体が上下分離方式の導入によって復旧・再開を図る方針を決定。JR東日本もこれを受け入れるとみられ、再開に向けて動き出した。
今年は山田線上米内～川内間と常磐線竜田～富岡・浪江～小高間、大井川鐵道井川線接岨峡温泉～井川間が再開の見込みだ。
