事故・災害による鉄道路線の長期運休区間は、5月末時点で515.6kmだった。4月に秋田内陸線（秋田県）などが運転を再開したが、5月はわたらせ渓谷線（群馬県）で脱線事故が発生するなどし、運休距離が伸びている。
東日本大震災・福島第一原子力発電所事故の影響による常磐線の運休区間のうち、浪江～小高間（福島県）8.9kmが4月1日に再開。路盤崩落の恐れにより2月から阿仁前田～阿仁合間7.8kmが運休していた秋田内陸縦貫鉄道の秋田内陸線も、4月29日に全線の運転を再開した。
このほか、4月は飯田線（愛知・静岡県）が土砂流入の影響で一部運休となったが、月内の4月28日に運転を再開した。4月末時点の運休距離は456.6kmで、3月末時点に比べ16.7km減少した。
5月はわたらせ渓谷鐵道が運営するわたらせ渓谷線で、検測車の脱線事故が発生。この影響で大間々～間藤間の36.8kmが現在も運休中だ。現在のところ6月8日までの運休が決まっているが、再開時期は明らかにされていない。
また、長野県飯山市照岡の井出川で5月19日、融雪水の影響による大規模な斜面崩落が発生。22日には井出川下流の桑名川地区に避難指示が出されたため、このエリアを通る飯山線も戸狩野沢温泉～森宮野原間22.2kmで運転を見合わせている。これらの影響で、5月末時点の運休距離は4月末に比べ59.0km増加した。
