事故・災害による鉄道路線の長期運休区間は、6月末時点で456.6kmだった。わたらせ渓谷線（群馬県）とJR飯山線（長野県）が運転を再開。運休距離は59.0km減少した。
わたらせ渓谷鐵道が運営するわたらせ渓谷線では5月22日、検測車の脱線事故が発生。この影響で大間々～間藤間の36.8kmが運休したが、6月10日に再開した。
飯山線も5月22日から、融雪水の影響による斜面崩落の影響で戸狩野沢温泉～森宮野原間22.2kmが運休した。斜面崩落の発生現場は飯山線の線路から離れた山間部だが、飯山線が通っているエリアでも避難指示が出されたことから運休した。約1カ月後の6月25日に運転を再開している。
2011年7月の水害で大規模な被害が発生した只見線会津川口～只見間（福島県）は、JR東日本と沿線自治体が上下分離方式の導入を条件にした復旧で合意した。復旧後は福島県が線路施設を保有し、JR東日本が福島県から線路施設を借りて列車を運行する。再開時期は未定だが、2021年度頃になりそうだ。
7月に入ってからは、九州豪雨の影響で日田彦山線・久大本線（福岡県・大分県）で大きな被害が発生しており、同月末の運休距離は大幅に増えるとみられる。
