秋田地域を襲った集中豪雨の影響で、JR東日本は秋田新幹線『こまち』の運転を一部の区間で見合わせている。同社の秋田支社は7月中の再開を目指すとしている。
7月25日以降の運行計画によると、『こまち』は東京・仙台～大曲間で1日7往復運転。大曲～秋田間は運転を見合わせているが、在来線（奥羽本線）の列車は7月25日に運転を再開。定期運転の普通列車のほか、大曲発着の『こまち』に接続する臨時快速『こまちリレー号』も運行されている。
『こまち』は東京～盛岡間で東北新幹線を走行。盛岡～大曲～秋田間は在来線の田沢湖線と奥羽本線を走る。新幹線と在来線は2本のレール幅（軌間）が異なるため、田沢湖線の盛岡～大曲間は全線に渡って新幹線と同じ1435mm軌間（標準軌）に改軌されている。
これに対して奥羽本線の大曲～秋田間は、在来線列車用の1067mm軌間（狭軌）の線路と、新幹線列車用の標準軌の線路が並んで設置されている。この区間内にある峰吉川～羽後境間（秋田県大仙市）で、豪雨による土砂流出が発生。在来線列車用の線路が先行して復旧した。