国土交通省が9月20日6時30分時点の情報としてまとめたところによると、台風18号の影響で運休中の鉄道は3事業者4路線になった。JR北海道の各線は運転を再開した。
JR四国の予讃線では、海岸沿いを通る海岸寺～詫間間で護岸の流失などが発生した。この区間内には、1年に2日しか営業しない臨時駅の津島ノ宮駅がある。代行バスは多度津～詫間間で運転されている。JR四国は9月21日の初発から運転を再開する見込みとしている。
JR九州の鉄道路線は、今回の台風で豊肥本線と日豊本線が被害を受けた。豊肥本線は阿蘇～中判田間で運転を見合わせ、バス・タクシーによる代行輸送を実施中。同区間内では、築堤の崩壊（三重町～菅尾間）や路盤の流失（菅尾～犬飼間）、橋台背面の洗掘（犬飼～竹中間）が発生している。
日豊本線は冠水や土砂流入、道床流出の被害が発生。市棚～延岡間は9月20日初発から運転を再開したが、臼杵～市棚間は現在も運休中でバス・タクシーによる代行輸送が行われている。JR九州は豊肥本線と日豊本線について「複数の箇所で線路災害が発生しているため、運転再開には時間を要する見込み」としている。
WILLER TRAINS（京都丹後鉄道）は、宮津線（宮舞線）の栗田～宮津間で土砂が流入したことから同区間の運転を見合わせ、バスによる代行輸送を行っている。