JR九州は9月22日、台風18号で運休中の区間のうち、豊肥本線阿蘇～三重町間62.0kmの運転を再開した。これにより同線の運休区間は三重町～中判田間24.4kmに縮小した。日豊本線は引き続き臼杵～市棚間69.3kmの運転を見合わせている。
運転計画によると、日豊本線の特急は『にちりん』『にちりんシーガイア』が大分～延岡間で終日運休。『ソニック』も大分～佐伯間で終日運休する。これ以外の区間は運転される。豊肥本線の特急は『九州横断特急』『あそぼーい！』が阿蘇～大分・別府間で終日運休する。
普通列車は、日豊本線の大分～臼杵間で本数を減らして運転。臼杵～市棚間は引き続き運転を見合わせる。代行バスは臼杵～佐伯間と佐伯～市棚間で運行。臼杵～延岡間では特急停車駅のみ停車する代行バスも運行する。
豊肥本線の普通列車は、阿蘇～三重町間と中判田～大分間で本数を減らして運転。三重町～中判田間は引き続き運転を見合わせ、代行バスを運行する。豊肥本線はこのほか、肥後大津～阿蘇間が熊本地震で被災しており、2016年4月から運休中。線内の2区間が寸断された状態になっている。