台風18号の影響で一部線区の運転を見合わせているJR九州は9月25日、豊肥本線三重町～中判田間の運転を10月2日に再開すると発表した。同線は2016年の熊本地震の影響で運転を見合わせている区間を除き、再開のめどが立った。
9月26日以降の運転計画によると、特急列車は『にちりん』『にちりんシーガイア』が大分～延岡間で終日運休。『ソニック』も大分～佐伯間で終日運休する。『九州横断特急』『あそぼーい！』は阿蘇～大分・別府間で終日運休する。
日豊本線の普通列車は臼杵～佐伯間で運転を見合わせ、代行輸送を実施。大分～臼杵間も本数を減らして運転する。一方、佐伯～延岡間は所定より本数を増やして運転するが、日中の列車は途中駅を全て通過する。臼杵～佐伯間は複数の場所で線路災害が発生しており、運休が長期化する見込みだ。
豊肥本線の普通列車（阿蘇以東）は、阿蘇～三重町間と中判田～大分間で本数を減らして運転。三重町～中判田間は引き続き運転を見合わせて代行輸送を実施するが、JR九州は10月2日に運転を再開する見込みとしている。