JR北海道は、9月1日から当面の間、青函トンネルを含む海峡線新中小国信号場～木古内間のいわゆる「青函共用走行区間」約82kmで、レールや架線の交換といった保守工事を実施する。
新幹線と在来線が同じ線路で運行されている青函共用走行区間では、短い列車運行の間合いを縫って保守作業が行なわれているが、1988年3月の開業以来、青函トンネル内では多湿や漏水などによる施設の老朽化が進んでいるという。
そのため、今回の工事では、新幹線と在来線が共用している、いわゆる「三線軌条」と呼ばれる3本のレールのうち、経年劣化が著しい在来線列車が使うレールや、摩耗が進行している架線などを交換する。
その関係で北海道新幹線では、9月1日から上り最終「はやて100号」の発車時刻を、新函館北斗駅（北斗市）で5分、木古内駅（木古内町）で2分繰り上げる。
また、新函館北斗駅で新幹線と接続する函館～札幌間の特急『スーパー北斗』は、一部列車でおおむね毎週土・月曜に最大6分程度の時刻変更を実施。日曜日に実施することもあるが、現行の接続態勢に影響はないという。
一方、普通列車では、函館本線長万部～函館間や千歳線、室蘭本線の一部列車で、おおむね毎週土・月曜に最大35分程度の時刻変更を実施。こちらも日曜日に実施することがあり、森駅での『スーパー北斗』、五稜郭駅での道南いさりび鉄道との接続を確保できない列車もあるという。
