JR北海道は9月10日、平成30年北海道胆振東部地震に伴なう9月10日以降の運行状況を明らかにした。
国土交通省の発表によると、石勝線追分～滝ノ上間で「リレーハウス」と呼ばれる信号設備を制御する継電器周りの損傷が、室蘭本線追分～沼ノ端間と日高本線勇払～鵡川間で線路が歪む軌道変位が新たに確認されたほか、電気設備の確認や施設点検を行なっている箇所が多数残っている。
そのため、9月10日13時50分時点で、函館本線長万部～小樽間、日高本線苫小牧～鵡川間（バス代行輸送を実施）、室蘭本線苫小牧～岩見沢間、石勝線全線（夕張支線を含む）、札沼線北海道医療大学～新十津川間、留萌本線全線、根室本線滝川～東鹿越間・釧路～根室間、富良野線美瑛～富良野間、釧網本線全線、宗谷本線音威子府～稚内間で運行再開の目途が立たない状況が続いている。
これに伴ない定期列車では、札幌～帯広・釧路間の特急『スーパーおおぞら』『スーパーとかち』が少なくとも9月12日まで、札幌・旭川～稚内間の特急『宗谷』『サロベツ』が少なくとも9月11日まで運休する。このうち『宗谷』の札幌～旭川間は、同時刻で臨時列車が運行されている。
また、札幌～旭川間の特急『ライラック』『カムイ』は合わせて10本が、札幌～東室蘭間の特急『すずらん』は6本が、9月10日から2週間程度、節電のため運休となる。
9月9日未明に運行を再開したJR貨物の貨物列車は、石勝線や根室本線（滝川～富良野間、新得～釧路貨物間）で依然として運行を見合わせている。
このほか北海道内では、札幌市交通局が札幌市営地下鉄と札幌市電で、函館市企業局交通部が函館市電で、9月10日から節電のための減便を行なっている。
札幌市交通局では、朝夕ラッシュ時を除く平日の日中時間帯（地下鉄は10～16時頃、市電は9時30分～16時30分頃）が、函館市企業局交通部が運営する函館市電では9～16時頃が対象で、いずれも通常より1～2分程度運行間隔が延びる。
