JR北海道とJR貨物は9月11日、北海道胆振東部地震の影響で運行を見合わせている線区の再開予定日を次のように明らかにした。
■石勝線（南千歳～新得、新夕張～夕張）／特急は9月14日、普通列車は9月17日、新夕張～夕張間は9月22日。なお、9月13日は札幌～新夕張間で代行バスを運行し、新夕張～釧路間では接続する列車を2往復運行。JR貨物は南千歳～新得間を9月14日に再開。
■根室本線（滝川～新得、釧路～根室）／JR貨物を含め滝川～富良野間は9月22日、富良野～新得間（東鹿越～新得間代行バス）は9月29日、釧路～厚岸間は9月14日、厚岸～根室間は9月19日。このほか、JR貨物は9月12日に帯広貨物～釧路貨物間を、9月14日に新得～帯広貨物間を再開。
■函館本線（長万部～小樽）／倶知安～小樽間は9月13日、長万部～倶知安間は9月15日。
■室蘭本線（沼ノ端～岩見沢）／JR貨物を含め9月17日。
■札沼線（北海道医療大学～新十津川）／北海道医療大学～石狩月形間は9月22日、石狩月形～新十津川間は9月29日。
■宗谷本線（音威子府～稚内）／特急は9月12日、普通列車は9月13日。
■釧網本線／釧路（東釧路）～摩周間は9月15日、摩周～網走間は9月24日。
■留萌本線／9月13日。
■富良野線（美瑛～富良野）／9月12日。
大半の線区ではレールの研磨や踏切設備の点検・動作確認などを行なっているが、震源に近い地域を走る日高本線苫小牧～鵡川間は、厚真川橋りょうなどの詳細な調査を行なうため再開は未定となっている。
なお、JR北海道では代行バスを運行していない区間で、通学客のための交通手段を確保するとしている。またJR貨物は、9月12日から札幌貨物ターミナル～帯広貨物間で、トラックによる片道最大12フィートコンテナ100個の代行輸送を実施するとしている。
