石井啓一国土交通大臣は7月16日に行なわれた会見で、九州新幹線西九州ルートの工事ミスで発生した長崎本線トンネル内の列車支障事故について言及した。
この事故は、7月11日10時25分頃に発生。長崎本線浦上～現川（うつつがわ）間を走行中の特急『かもめ16号』が、同区間の長崎トンネル内で異音を検知して緊急停車したというもの。
当時、長崎本線と並行する九州新幹線西九州ルートの工事に関連して、渇水対策用井戸の試掘ボーリングが行なわれていたが、機材の一部が長崎トンネルの上部を貫通して『かもめ16号』に接触した。
工事を発注した建設主体の独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構（鉄道・運輸機構）では「一歩間違えば大事故につながる可能性もあった」として、現在、原因を調査しているという。
九州新幹線西九州ルート（いわゆる長崎新幹線）のルート図。諫早～長崎間では、二股に分かれる在来線の長崎本線（細線部分）の南側を新幹線が通る。この区間には新長崎、久山の2トンネルが建設されるが、久山トンネルでは7月14日に開催予定だった貫通式が事故の影響で中止された。報道では、現場での確認が不十分だったこと、鉄道・運輸機構が長崎本線の詳細な位置をJR九州に対して確認せず、国土地理院の地形図を基に図面に記載していた可能性があったことが、原因として指摘されている。
基となった地形図そのものに誤りがあった可能性もあるとされており、事実であれば、二重のミスが大惨事を招くところだった。
これに関して石井大臣は、「ボーリング工事における発注図面でのトンネルの位置が、実際のトンネルの位置と異なっていたことや、現場で十分な確認が行われていなかったことなどが原因と考えられる」という報告を鉄道・運輸機構から受けていたことを明らかにし、原因の究明と再発防止策を講じることを指示。「慎重に現場確認を行うなど、引き続き、安全かつ確実な工事施工を求めてまいります」と述べた。