10月12日、静岡県に上陸した台風19号は、翌13日にかけて甲信越地方から東北地方にかけて広範囲に猛威をふるい、鉄道網に大打撃を与えた。
とくにJR東日本北陸新幹線では、E7系、W7系新幹線電車10編成（E7系8本、W7系2本）が千曲川の決壊により浸水。10月15日時点で長野～上越妙高間で運行を見合わせており、東京～長野間で折返し運行を実施している。
東京～長野間ではグランクラスとグリーン車を除いて全車自由席の『あさま』を運行しており、運行本数は軽井沢～長野間の区間列車を含む上下各10本。『かがやき』『はくたか』は運休している。なお、JR西日本エリアの上越妙高～金沢間では、富山～金沢間の『つるぎ』が平常運行。糸魚川～金沢間では臨時『はくたか』を運行している。
北陸新幹線以外で終日運休が決定している線区や復旧まで時間を要する線区は次のとおり。
■JR東日本
＜八戸線＞陸中中野駅路盤流失。階上（はしかみ）～久慈間で運行見合せ。
＜東北本線＞新白河～岩沼間で運行見合せ。
＜気仙沼線BRT＞前谷地～陸前戸倉間で運行見合せ。
＜磐越西線＞郡山～会津若松間、13時に再開見込み。
＜磐越東線＞郡山～いわき間全線で運行見合せ。
＜只見線＞会津若松～会津川口間、大白川～只見間で運行見合せ。
＜中央本線＞梁川～四方津間で土砂流入。高尾～大月間で運行見合せ。特急『あずさ』『かいじ』『はちおうじ』『富士回遊』運休。
＜水郡線＞袋田～常陸大子間第六久慈川橋梁橋桁流出。常陸大宮～郡山間で運行見合せ。
＜両毛線＞大平下～栃木間永野川橋梁橋台背面流出。足利～小山間で運行見合せ。足利～岩舟間と栃木～小山間は復旧まで数日、岩舟～栃木間は復旧まで1か月程度。
＜吾妻線＞長野原草津口～大前間土砂流入、電化柱倒壊のため中之条～大前間で運行見合せ。特急『草津』運休。再開まで相当期間を要する。
＜小海線＞復旧作業のため、小諸～野辺山間は当面の間、運行見合せ。
＜飯山線＞復旧作業のため十日町～豊野間で運行見合せ。
■三陸鉄道
釜石～宮古間、田老～久慈間で運行見合せ。同区間はバス代行。
■阿武隈急行
土砂崩れにより梁川～槻木（つきのき）間で運行見合せ。
■東武鉄道
＜日光線＞静和（しずわ）～新大平下間で線路砕石流出、北鹿沼～板荷（いたが）間で築堤崩壊。栗橋～栃木間と新鹿沼～下今市間で運行見合せ。復旧までに数日。
＜佐野線＞田島～佐野市間と堀米～吉水間、多田～葛生間秋山川橋梁安全確認のため運行見合せ。
■秩父鉄道
施設損傷のため、影森～三峰口間で運行見合せ。バス代行実施。
■小田急電鉄
小田原線渋沢～新松田間河川護岸流出、電化柱傾斜。秦野～新松田間で運行見合せ。復旧は10月15日15時頃。特急ロマンスカーは10月16日始発から再開。
■京王電鉄
動物園線（高幡不動～多摩動物公園）土砂流入のため運行見合せ。
■小湊鐵道
養老渓谷～上総中野間で運行見合せ。バス代行実施。
■箱根登山鉄道
＜鉄道線＞宮ノ下駅～小涌谷駅間土砂流入・蛇骨橋梁流出、上大平台信号場～仙人台信号場石流入。箱根湯本～強羅間で運行見合せ。箱根湯本～宮ノ下間バス代行。再開まで長期間を要する。
＜鋼索線（箱根登山ケーブルカー）＞10月17日再開予定。
■上田電鉄
上田～城下間橋台流失。上田～下之郷間バス代行。
■しなの鉄道
＜しなの鉄道線＞大屋～田中間の上空にある海野バイパス跨線橋が崩落したため、上田～田中間で運行見合せ。
＜北しなの線＞千曲川堤防決壊で線路や電力設備が冠水、豊野変電所が浸水のため、長野～妙高高原間全線で運行見合せ。観光列車「ろくもん」は当分の間運休となる。
このほかJR貨物では、10月11～15日に東海地区や関東地区、東北地区を通過する列車335本が運休している。
