新型コロナウイルスの影響で利用者が減少しているとして、列車の減便を行なっているJR東日本、JR東海、JR四国、JR九州の4社は3月24日、さらなる減便や減便期間の延長を行なうことを明らかにした。
JR東日本では、ゴールデンウィーク（GW）中に設定していた東京～出雲市間の寝台特急『サンライズ出雲91・92号』の運休を決定。
JR東海では4月3～24日、5月1～6日に計画していた臨時『のぞみ』計148本の運休を決定した。
3月31日まで『宇和海』『うずしお』『剣山』といった特急8本、予讃線や土讃線などの普通列車27本、土讃線普通列車4本の部分運休を実施しているJR四国は、その期間を特急は4月10日まで、普通列車は4月5日まで延長する。
九州新幹線では4月6日から5月6日まで設定される臨時『さくら』93本が運休となる。JR九州では、4月5日までとしていた減便を4月6日以降も実施。九州新幹線では5月6日まで臨時『さくら』計93本が運休する。
『かもめ』『ハウステンボス』『ソニック』『にちりん』『きらめき』『きりしま』『ひゅうが』『ゆふいんの森3・4号』『かわせみ やませみ1・2号』『A列車で行こう3・4号』といった在来線特急は、4月23日まで定期・臨時合わせて計654本が運休。『JRKYUSHU SWEET TRAIN 或る列車』は、4月3～6・10～13日に計画されていた計16本が運休する。
また、臨時『きらめき』4本と定期『にちりん』54本は運転区間が変更される。