JR東日本、JR東海、JR西日本は5月22日、新型コロナウイルスの感染拡大に伴なう緊急事態宣言の一部解除などを受けて、5月末以降に計画していた減便を中止、または解除することを明らかにした。
JR東日本では、5月28日以降に運行する各新幹線の定期列車や、中央線、常磐線定期在来特急の減便を計画していたが、これを中止する。ただし、東北新幹線の北海道新幹線直通『はやぶさ』については、北海道で緊急事態宣言が解除されていないこともあり、上下各3本（7・14・19・29・32・44号）の新青森～新函館北斗間が運休となる。
なお、指定席については、当面の間、2週間ごとの発売とし、5月28日～6月10日乗車分は5月23日から、6月11～24日乗車分は6月4日から、6月25日～7月8日乗車分は6月18日からとなり、それぞれ5時30分から発売するが、停車駅間の距離が比較的長い東北新幹線『はやぶさ』『はやて』、秋田新幹線『こまち』、北陸新幹線『かがやき』については、混雑を緩和して密を避けるため、グリーン車は定員の5割程度、普通車指定席は定員の6割程度を上限として発売される。
また、JR東海とJR西日本では、東海道・山陽新幹線の定期『のぞみ』の減便を6月1日に解除する。
JR西日本が運行する北陸新幹線では、JR東日本の減便中止を受けて、『かがやき』が5月28日以降も通常運転となるほか、金沢～富山間の『つるぎ』については6月1日から減便本数が縮小される。
