JR九州は7月13日、令和2年7月豪雨の影響により長期の運行見合せが見込まれる久大本線由布院～向之原（むかいのはる）間で7月14日から当分の間、バスによる代行輸送を実施すると発表した。
なお、他の区間については、通常運行が行なわれるのは久留米～日田間のみで、向之原～大分間では減便。日田～由布院間も橋梁の流出や複数箇所での土砂流入、流出が発生しており運行を見合わせているものの、並行道路の状況により代行輸送が困難としている。
久大本線以外では、日南線南郷～志布志間が7月13日の志布志15時50分発上り油津行きから運行を再開。肥薩おれんじ鉄道は、7月13日時点で運休区間が八代～水俣間に縮小されているが、同鉄道を通過する鳥栖貨物ターミナル～鹿児島貨物ターミナル間の貨物列車は依然運休が続いており、7月14日からは日曜を除いて、北九州貨物ターミナル～熊本・八代間で1日110個程度、福岡貨物ターミナル～川内・鹿児島貨物ターミナル間で1日90個程度のコンテナを扱う代行輸送が行なわれる。
このほか、平成筑豊鉄道田川線では、崎山～源じいの森間で落石が確認されたことに加えて、斜面崩壊の危険があるとして、7月12日から犀川（さいがわ）～油須原（ゆすばる）間でバス代行を実施している。
斜面崩壊が発生した五十崎～喜多山間。一方、JR四国では7月7日に斜面崩壊が発生した内子線五十崎（いかざき）～喜多山間を含む内子～伊予大洲間で運行を見合わせており、予讃線部分を含む向井原～伊予大洲間で山側を経由する路線は依然、再開の目途が立っていない。