JR北海道は9月9日、2020年度第1四半期（4～6月）の線区別収支状況と利用状況を明らかにした。
それによると、新型コロナウイルスの感染拡大により、5月に廃止された札沼線北海道医療大学～新十津川間を除く全線区で1日あたりの輸送密度が減少。2019年度の同期間と比べ、営業損益（いわゆる赤字）は、地上設備の維持コストが削減された根室本線富良野～新得間、留萌本線（深川～留萌）を除いて軒並み拡大している。
拡大額は全体で103億1000万円に上り、そのうち北海道新幹線を含む幹線系線区が93億7300万円と大半を占めた。札幌圏はその半分以上となる54億1000万円となっており、インバウンド需要や、リモートワークなどに伴なう通勤や出張需要の大幅な落込みが大きく影響している。
地域活性化へ向けて取り組んでいるアクションプランも、3月のダイヤ改正で廃止された釧網本線南弟子屈（みなみてしかが）駅の駅舎を弟子屈町へ寄贈するなどの動きが見られたものの、イベントの中止などによりコロナの影響を避けられなかったという。
アクションプランの一環として、弟子屈町へ寄贈された釧網本線旧南弟子屈駅舎。今後は南弟子屈地域の歴史を伝える資料館として活用されるという。JR北海道では、新型コロナウイルスがアクションプランへ与えた影響を検証しつつ、引き続き利用促進や経費削減、国からの支援継続を視野に入れた第2期集中改革期間における取組を進めていくとしている。