JR東日本、京浜急行電鉄（京急）、京王電鉄（京王）、京成電鉄（京成）、東京地下鉄（東京メトロ）、東京都交通局、東京臨海高速鉄道は12月18日、本年末年始の終夜運転を中止すると発表した。
東京都では連日のように新型コロナウイルスの陽性者数が過去最高を記録しており、人の移動が多くなる年末年始における危機感から、小池百合子知事は12月17日に「年末年始コロナ特別警報」の発出を宣言。その前日には、隣接する埼玉・千葉・神奈川の3県と共同で、終夜運転を予定している鉄道会社と国に対してその中止を要請したことを明らかにしている。
ちなみに、首都圏における初詣で人気の、山手線原宿駅（東京都渋谷区）最寄りにある明治神宮は12月18日、「東京都の年末年始の新型コロナウイルス感染症拡大防止対策に鑑み、大晦日から元旦にかけて終夜の開門を自粛いたします」とアナウンスしており、12月31日は16時に閉門されることになっている。元日以降の開門時間は未定。
また、初日の出向けに運行する早朝の臨時列車についても、予定していた東京メトロ、小田急電鉄（小田急）、京急、京王、東京モノレールが中止を決定している。
明治神宮（2019年12月31日）このほか、大手がすべて終夜運転中止を決定している関西圏では、大阪府貝塚市内の貝塚駅と水間観音駅を結ぶ水間線を運営する水間鉄道が実施を発表していたが、これも中止されることになった。
同社ではこの決定を「断腸の思い」とした上で、「決して密になるとの予想は致しておらず、水間寺への参詣鉄道として、主に地元の方々に最低限の足を確保する事と致しておりましたが、静かな年末年始を過ごす為にも、要請に応じる事となりました」と述べ、陳謝している。
2019年の年明けに運行された京王の「迎光号」。元旦に運行を予定していた臨時列車も中止が相次いでいる。関西圏では、終夜運転の代替として予定していた終電延長や臨時列車運行も中止する動きが相次いでおり、阪急電鉄（阪急）、能勢電鉄、阪神電気鉄道（阪神）、山陽電気鉄道（山陽電鉄）、神戸電鉄が中止を発表している。