JR北海道は、低気圧接近の影響を受けて8月18日、各線で運休が相次いでいる。
函館本線函館～長万部間と室蘭本線長万部～豊浦間では始発から運休していたが、函館～新函館北斗間では13時頃から再開。新函館北斗～長万部間は17時30分頃まで、長万部～豊浦間は15時頃まで運休する。
また、7時頃から運休している函館本線長万部～倶知安間は、20時頃まで運休する。
道東地方では、釧網本線東釧路（釧路）～知床斜里間で14時から運休しており、根室本線（花咲線）釧路～根室間全線は16時頃から、釧網本線知床斜里～網走間は21時頃から運休する。
中央本線倉本～上松間の土砂流入現場（8月16日）。一方、JR貨物では降り続く大雨の影響により、中央本線多治見～塩尻間、山陽本線・鹿児島本線新南陽～北九州貨物ターミナル間で貨物列車の運行を見合わせている。
多治見～塩尻間では、倉本～上松（あげまつ）間や木曽平沢～贄川（にえかわ）間で土砂流入が発生しており、復旧までに「相当な期間を要する見込み」とされている。
新南陽～北九州貨物ターミナル間では小野田～厚狭間で大規模な路盤流出や電化柱の倒壊などが発生しており、8月17日時点で再開までに10日程度を要する見込みとされている。
なお、中央本線では岡谷～辰野～塩尻間でも運休が続いており、こちらも再開の目途が立っていない。