JR九州は4月27日、西九州新幹線の運賃・料金を国土交通大臣に同日付けで認可申請したと発表した。
それによると、運賃については、諫早～長崎間を並行する長崎本線と同じ営業キロにより計算。その他の武雄温泉～諫早間については建設キロを営業キロとする。そのため、認可申請は諫早～長崎間に対して行なっている。
西九州新幹線武雄温泉～長崎間相互間の申請運賃。
一方、特急料金は自由席の上限額を1760円に設定しているが、九州新幹線鹿児島ルートに準じて、50kmまでの武雄温泉～新大村・諫早間や嬉野温泉～諫早間を上限より低く設定。隣接駅間は870円となる。
認可後に届け出る実際の自由席特急料金。斜字部分は上限額より低く設定。★印の隣接駅間は870円となる。指定席の場合はこれらに通常期530円、繁忙期730円が加算され、隣接駅間は通常期1790円、繁忙期1990円となる。なお、当面の間は武雄温泉駅で新幹線『かもめ』と在来線特急『リレーかもめ』との対面乗換えが行なわれるが、1本の列車として計算される現行の特急料金と比較して新在の単純な合算では割高感があるため、乗継ぎの場合は、新幹線と在来線の特急料金をそれぞれ1割引して合算した額となる。
乗継特急料金の例（博多～長崎間）。上が現行、下が開業後。『リレーかもめ』は門司港～博多～武雄温泉間で運行される。これにより博多～長崎間の自由席特急料金は、現行の『かもめ』より460円アップの2660円となる。
西九州新幹線開業後の博多～長崎間相互間の運賃と自由席特急料金。博多～諫早間や博多～長崎間の運賃は現行と変わらない。
