6月27日に東北南部や新潟地区に降り続いた大雨は、秋田県や青森県、北海道へ移り、6月28日はJR北海道やJR東日本の一部で運行を見合わせている線区が発生している（情報はいずれも15時30分時点のまとめ）。
JR北海道では「6月28日～6月30日にかけて、低気圧接近による大雨に伴い、道内各方面の列車に運休・遅れが発生する可能性があります」と注意を呼びかけており、6月29日は宗谷本線名寄～稚内間と留萌本線（深川～留萌）が始発から終日運休することが決定している。
JR東日本では五能線東能代～鯵ヶ沢間で運行を見合わせており、能代～深浦間は終日運休。東能代～能代間は16時30分頃、深浦～鯵ヶ沢間は17時30分頃の再開を見込んでいる。
このほか八戸線鮫～久慈間でも運行を見合わせており、16時30分頃の再開を見込んでいる。
一方、大雨ではないが、JR東日本では常磐線大津港駅（茨城県北茨城市）の踏切内で14時28分頃に脱輪事故が発生した影響で、高萩～いわき間で運行を見合わせている。再開の見込みは立っていない。
また、JR東海では6月20日に本長篠～東栄間が落石による被災から復旧したばかりの飯田線で、14時8分頃、浜松市天竜区内の大嵐（おおぞれ）～小和田（こわだ）間で落石発生を知らせる警報装置が作動したため、水窪（みさくぼ）～平岡間で運行を見合わせている。現在、係員が現地へ向かっているということだが、再開までは時間を要する見込みだ。
