JR東日本は8月9日、再び東北北部に大雨が見込まれるため、新たな運行計画を発表した（情報はいずれも13時50分時点で確認したもの）。
奥羽本線秋田～東能代間では22時以降、八郎潟～東能代間で運行を見合わせ、秋田～八郎潟間では折返し運行となる。また、大館～新青森間は夕方頃まで運行を見合わせ、新青森～青森間は減便される。前回の大雨で被害が大きかった東能代～大館間は引き続き終日運休となっている。このため8月9日も秋田～青森間の特急『つがる』が全列車運休となっている。
五能線では、岩館～鯵ヶ沢間が終日運休となっており、能代～岩館間も運行を見合わせている。鯵ヶ沢～川部（弘前）間は夕方まで運行を見合わせ、東能代～能代間は終日減便される。このため快速『リゾートしらかみ』は8月9日も全列車運休となっている。
大湊線は14時頃まで運行を見合わせており、大平（おおだい）～津軽二股間の2か所で盛土や道床流出が発生している津軽線蟹田～三厩（みんまや）間は終日運休が続いている。
倒壊した濁川橋梁を含む喜多方～野沢間で運行を見合わせている磐越西線では、8月10日から当分の間、バスによる代行輸送が行なわれることになった。野沢～新津間では車両が被災した影響で減便されている。
米坂線では8月9日から米沢～今泉間が再開しており9往復の列車が運行されている。
一方、北海道も8月8日から断続的な大雨に見舞われ、JR北海道では夜に北海道新幹線が運休に追い込まれたが、8月9日は函館本線新函館北斗～長万部間で普通列車が13時20分頃から、特急列車が15時10分頃から終日運休に。宗谷本線名寄～稚内間では音威子府（おといねっぷ）以北が終日、同以南が16時30分頃まで運休する。札幌～帯広・釧路間の特急は16時台以降に始発駅を発車する列車の運休が発表されている。
